Построение филогенетических деревьев белков семейства ядерных рецепторов.

Критерием отбора  белков была принадлежность последовательности семейству стероидных/тироидных рецепторов, либо рецепторов ретиноевой кислоты, либо PPAR. Другим условием отбора была видовая принадлежность белков (Homo sapiens).

Затем мы построили филогенетические деревья для найденных последовательностей: по полной последовательности (рис. 3) и по домену, связывающемуся с ДНК (в дальнейшем DBD) (рис. 4). Домены были выявлены из записей SwissProt.

Все обозначения последовательностей, принятые в рисунках 3 и 4 соответствуют Entry name последовательностей в SwissProt. Расшифровки обозначений с указанием полного имени, длины последовательности в аминокислотных остатках, веса белка в килоДальтонах и другой информации помещены в таблицу  (см. приложение 2).

Рисунок 3. Филогенетическое дерево полных последовательностей ядерных рецепторов.

Рисунок 4. Филогенетическое дерево DBD ядерных рецепторов.

Рисунки 3 и 4 отражают в целом идентичную картину, различия в них обусловлены наличием в полной последовательности других доменов с незначительной относительной гомологичностью. При этом рецепторы тироидных гормонов (на рисунках THB1, THA) гораздо ближе к PPAR, чем к рецепторам стероидных гормонов.

Видно, что рецепторы стероидных гормонов выделились в группу, наиболее удаленную ото всех остальных (рис. 3, 4).

Интересным фактом является то, что Х-рецепторы ретиноевой кислоты, которые связываются с лигандом как гетеродимер в паре с PPAR , на дереве, построенном для DBD, располагаются близко к PPAR, в то время как на дереве полных последовательностей они ближе к стероидным рецепторам (рис. 3 и 4). По-видимому, это отражает тот факт, что вышеназванные рецепторы имеют схожие механизмы связывания с ДНК и совершенно различные механизмы связывания со своими лигандами.

Общей же картиной является разделение рецепторов в зависимости от того, с каким лигандом они связываются, все последовательности разделились на группы эстрогеновые рецепторы- Х-рецепторы ретиноевой кислоты- тироидные рецепторы- PPAR и так далее.

При проведении выравниваний мы обнаружили значительную консервативность в области DBD, в то время как в области LBD подобной картины не наблюдалось. Исходя из этого, мы заключили, что функциональное сходство рецепторов стероидных/тироидных гормонов, ретиноевой кислоты и PPAR базируется в основном на механизме связывания с ДНК, различия же кроются в LBD.