За изменением книг последовали и другие церковные нововведения. Наиболее заметными нововведениями были следующие:

–вместо двоеперстного крестного знамения, которое было принято на Руси от греческой православной церкви вместе с христианством и которое является частью святоапостольского предания, было введено троеперстие.

–в старых книгах, в согласии с духом славянского языка, всегда писалось и выговаривалось имя Спасителя “Исус”, в новых книгах это имя было переделано на грецизированное 'Иисус”.

–в старых книгах установлено во время крещения, венчания и освящения храма делать обхождение по солнцу в знак того, что мы идем за Солнцем-Христом. В новых книгах введено обхождение против солнца.

–в старых книгах, в Символе Веры (8 член), читается: “И в Духа Святаго Господа Истиннаго и Животворящаго”, после же исправлений слово “Истиннаго” было исключено.

–вместо сугубой, т. е. двойной аллилуйи, которую творила русская церковь с древних времен, была введена трегубая (то есть тройная) аллилуйя.

–божественную литургию в Византии, а потом и в Древней Руси совершали на семи просфорах; новые “справщики” ввели пятипросфорие, т. е. две просфоры исключили.

Никон и его помощники дерзко посягнули на изменение церковных установлений, обычаев и даже апостольских преданий русской православной Церкви, принятых при Крещении Руси. Эти изменения церковных узаконений, преданий и обрядов не могли не вызвать резкий отпор со стороны русских людей, свято хранивших древние святые книги и предания. Кроме самой порчи книг и обычаев церковных, резкое сопротивление в народе вызвали те насильственные меры, с помощью которых Никон и поддерживающий его царь насаждали эти нововведения. Жестоким гонениям и казням подвергались русские люди, совесть которых не могла согласиться с церковными нововведениями и искажениями. Многие предпочитали умереть, чем предать веру своих отцов и дедов.

Никон, ни с какими доводами не думал считаться. Он начал свои реформы не с благословения Божьего, а с проклятий и анафем. Воспользовавшись прибытием в Москву антиохийского патриарха Макария и других иерархов с Востока, Никон предложил им высказаться в пользу нового перстосложения. Они написали следующее: «Предание прияхом с начала веры от святых апостол и святых отец, и святых седьми соборов творити знамение честнаго креста тремя первыми перстами десныя руки. И кто от христиан православных не творит крест тако, по преданию восточныя церкви, еже держа с начала веры даже до днесь, есть еретик и подражатель арменов. И сего ради имамы его отлучена от Отца и Сына и Св. Духа, и проклята”.

Деятельность Никона встретила сильное противодействие со стороны ряда духовных деятелей того времени: епископа Павла Коломенского, протопопов Аввакума Петрова, Иоанна Неронова, Даниила из Костромы, Логгина из Мурома и других. Вожди религиозной оппозиции пользовались в народе огромным уважением за высокие личные качества. Они смели говорить правду в глаза сильным мира сего, нисколько не заботились о своих личных выгодах, служили Церкви и Богу со всей преданностью, искренней и пламенной любовью. В устных проповедях, в письмах они смело обличали всех виновников церковных несчастий, не боясь называть первыми имена патриарха и царя. Поражает в них готовность пойти на страдание и мучение за дело Христово, за правду Божию.

Верные и стойкие поборники церковной старины вскоре подверглись жестоким мучениям и казням. Первыми мучениками за правую веру были протопопы Иоанн Неронов, Логгин, Даниил, Аввакум и епископ Павел Коломенский. Они были высланы из Москвы в первый же год реформаторской деятельности Никона (1653–1654 гг.).

На соборе 1654 года, созванном по вопросу о книжном исправлении, епископ Павел Коломенский мужественно заявил Никону: “Мы новой веры не примем”, за что без соборного суда был лишен кафедры. Прямо на соборе патриарх Никон собственноручно избил епископа Павла, сорвал с него мантию и велел немедленно отправить его в ссылку. В далеком северном монастыре епископ Павел был подвергнут тяжелым мучениям и, наконец, тайно убит.

Народ говорил, что на первосвятительском престоле воссел палач и убийца. Все трепетали перед ним, и никто из епископов уже не посмел выступить с мужественным словом обличения. Робко и молчаливо они соглашались с его требованиями и распоряжениями. Те же, кто не мог перешагнуть через свою совесть, но не были в силах сопротивляться, постарались отойти от дел. Так, епископ вятский Александр, сохраняя личную верность старой вере, предпочел оставить свою кафедру, удалившись в один из монастырей.

К сожалению, среди русского духовенства середины 17 в. оказалось значительное число людей малодушных, не посмевших перечить жестокому начальству. Поэтому главным противником Никона был народ церковный: простые иноки и миряне, лучшие, духовно сильные и преданные сыны Православия. Таковых было немало, даже, вероятно, большинство. Старообрядчество с самого начала было народной верой.

Никон пробыл на патриаршем престоле семь лет. Своим властолюбием и гордостью он сумел оттолкнуть от себя всех. Произошел у него разрыв и с царем. Патриарх вторгался в дела государства, возмечтал даже стать выше царя и полностью подчинить его своей воле. Алексей Михайлович стал тяготиться своим “собинным другом”, охладел к нему.

Тогда Никон задумал воздействовать на царя угрозой, что ему раньше удавалось. Он решил публично отречься от патриаршества, рассчитывая на то, что царь будет тронут его отречением, и станет упрашивать не покидать первосвятительский престол. Это стало бы хорошим поводом восстановить и усилить свое влияние на царя.

На торжественной литургии в Успенском соборе в Кремле 10 июля 1658 г. он объявил с амвона, обращаясь к духовенству и народу: “От лени я окоростовел, и вы окоростовели от меня. От сего времени не буду вам патриарх; если же помыслю быть патриархом, то буду анафема”. Тут же на амвоне Никон снял с себя архиерейское облачение, надел черную мантию и монашеский клобук, взял простую клюку и вышел из собора.

Однако Никон жестоко ошибся в своих расчетах. Царь, узнав об уходе патриарха, не стал удерживать его. Никон же, скрывшись в Воскресенском монастыре, прозванном им “Новым Иерусалимом”, стал ждать реакции царя. Он по-прежнему держал себя властно и самовольно: совершал рукоположения, осуждал и проклинал архиереев. Но напрасное ожидание его ожесточило настолько, что он даже предал проклятию царя со всем его семейством.

Примириться со своим новым положением в качестве только монастырского обитателя он, разумеется, не мог. Никон попытался снова вернуться к патриаршей власти. Однажды ночью он внезапно приехал в Москву в Успенский собор во время богослужения и послал уведомить царя о своем приезде. Но царь к нему не вышел. Раздосадованный Никон вернулся в монастырь.