Поиск нуклеотидной последовательности гена ND6

Для поиска нуклеотидной последовательности гена ND6 использовались три геномных базы данных. В базе UCSC этого гена не оказалось вовсе, хотя митохондриальный геном в ней представлен и, более того, другие гены ND семейства в этой базе найти можно. Разумеется, для дальнейшей работы эта база данных не использовалась. В базе Mitomap, посвященной исключительно митохондриальному геному человека, также обнаружился недостаток, который делает ее использование для наших целей, хотя и возможным, но крайне неудобным. Дело в том, что этот ресурс не позволяет напрямую по названию гена получить его нуклеотидную последовательность. Вместо этого приходится сначала из списка с названиями всех 37 генов координаты начала и конца нужного нам гена, а затем по этим координатам вручную выделить из всего митохондриального генома (длиной 16569 нуклеотидов) нужный участок.

Рисунок 1 – Результат поиска в системе Entrez Pubmed для запроса “mtnd6”. Вторая запись – ссылка на страницу с информацией о гене ND6 человека.

Наиболее удобным инструментом для поиска необходимой последовательности оказалась поисковая система Entrez Pubmed, осуществляющая поиск по базе данных NCBI, в которой представлены большинство секвенированных на настоящий момент геномов. Работа с поисковой системой проста и удобна: вводим в строку поиска название гена, результат получаем разделенный по группам (статьи, последовательности генов, белков, геномов, структура белков и многое другое), выбираем раздел «гены» (рисунок 1), в этом разделе выбираем ген ND6 нужного нам организма (Homo sapiens). Попадаем на страницу с различной информацией об этом гене (рисунок 2), где в разделе Genomic sequence, перейдя по ссылке Fasta или GeneBank, мы попадаем на страницу (рисунок 3), где представлена нуклеотидная последовательность искомого гена. Важным положительным моментом является то, что данная поисковая система предоставляет возможность изменения координат изображаемого геномного региона. Благодаря этому мы получили последовательность не только самого гена ND6, но и прилегающих к нему с двух сторон участков длиной 100 нуклеотидов, что необходимо для разработки маркеров.

Аминокислотную последовательность белка ND6 довольно легко можно найти в базе Mitomap – в ней после нуклеотидной последовательности всего митохондриального генома приведены координаты и аминокислотные последовательности всех митохондриальных генов.

Рисунок 2 – Изображение участка митохондриального генома человека, содержащего ген ND6.

Таким образом, хотя для работы с митохондриальными генами наиболее полная информация представлена в специализированной базе Mitomap, механизмы поиска в ней требуют улучшения, в частности, в ней не хватает инструмента для поиска нуклеотидной последовательности гена по его названию.

Рисунок 3 – Нуклеотидная последовательность гена ND6.