Ресурсы для работы с нуклеотидными и аминокислотными последовательностями

http://www.bioinformatics.org/sms2/

Sequence Manipulation Suite – интернет ресурс, позволяющий осуществлять различные операции с нуклеотидными и аминокислотными последовательностями. Например, пользуясь этим сайтом, можно изменять формат нуклеотидной последовательности, избавляться от символов, не встречающихся в ДНК и белках, разделять последовательности ДНК на триплеты, получать  комлементарные молекулы ДНК, переводить однобуквенные обозначения аминокислот в трехбуквенные и обратно.

С помощью этого ресурса можно также выравнивать нуклеотидные и аминокислотные последовательности, переводить нуклеотидную последовательность в аминокислотную и наоборот, искать определенные домены, в том числе CpG островки и открытые рамки считывания в ДНК. Sequence Manipulation Suite предоставляет возможности вычисления молекулярной массы и изоэлектрической точки белковых молекул, построения рестрикционных карт молекул ДНК и разработки ПЦР праймеров. Этот сайт будет полезен любому молекулярному биологу для планирования экспериментов и простой обработки результатов. Главное преимущество ресурса – его многофункциональность. Однако для многих из предоставляемых функций существуют другие, более совершенные программы с большими возможностями.

http://expasy.org/tools/

ExPASy Proteomic tools – самое полное (из известных мне) собрание компьютерных инструментов для анализа аминокислотных последовательностей и протеомных данных, созданное Швейцарским Институтом Биоинформатики (SIB). Кроме программ, разработанных в самом SIB и хранящихся на сервере института, на сайте представлены и ссылки на программы других разработчиков. Здесь можно найти инструменты для анализа данных масс-спектрометрии и двумерного электрофореза, определения белка по аминокислотной последовательности, молекулярной массе и изоэлектрической точке, расчета молекулярной массы и изоэлектрической точки белка по его аминокислотной последовательности, в том числе с учетом посттрансляционных модификаций. Есть также группа программ для перевода нуклеотидной последовательности в аминокислотную и обратно; поиска сходства между определенной последовательностью и последовательностями, представленными в базах данных; предсказания вторичной, третичной и четвертичной структуры, сигналов внутриклеточной локализации, сайтов посттрансляционных модификаций белков; визуализации третичной и четвертичной структуры белков, сравнения аминокислотной последовательности и третичной структуры двух или более белковых молекул и многого другого.

Важной положительной характеристикой сайта является то, что представленные программы разделены на группы, в зависимости от выполняемых ими функций. Кроме того, рядом с каждой гиперссылкой есть краткое описание программы и области ее применения.

Таким образом, данный ресурс предоставляет максимально широкие возможности работы с белковыми молекулами. Этот сайт будет полезен практически любому биологу, занимающемуся молекулярно-биологическими исследованиями.

Http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi

Primer3, по моему мнению, является наиболее удобной он-лайн программой для разработки ПЦР-праймеров к определенной последовательности ДНК. Она предлагает пары праймеров, удовлетворяющие параметрам, заданным пользователем. К числу варьируемых параметров относятся длина праймером, температура отжига, их расположение на введенной последовательности ДНК, размер ПЦР-продукта, содержание Г-Ц пар, степень самокоплементарности и комплементарности праймеров друг другу. Программа позволяет быстро и качественно подбирать праймеры для амплификации нужного участка ДНК.

Действующий личный сайт в WWW

http://vasilipankratov.narod.ru/

Граф научных интересов.

магистранта биологического факультета Панкратова В.С.

специальность биология

Вопросы по основам информационных технологий