Предметный указатель к реферату

B

BLAST · 8, 22

M

Mitomap · 2, 19, 20, 21, 23, 24

Б

базы данных · 2, 5, 6, 7, 19, 20, 21, 24, 26

биоинформатика · 3, 4, 5, 6, 7, 11, 13, 15, 17, 19, 27

В

выравнивание · 2, 5, 7, 8, 14, 19, 22, 23, 24, 26

Г

геном · 6, 8, 9, 14, 18, 19, 20, 21, 26

М

моделирование · 2, 4, 5, 6, 11, 12, 17, 18, 26

модель · 10, 17

С

системная биология · 2, 3, 6, 17

структура · 2, 10, 11, 12, 13, 15, 18, 21, 26

Интернет ресурсы в биологии

Ресурсы для поиска биологической информации

Http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Pubmed является самой популярной интернет базой ссылок на биологическую и медицинскую литературу. Она содержит примерно 20 млн ссылок на статьи из биологических журналов, литературу из национальной медицинской библиотеки США и он-лайн книги. Как правило, для каждой статьи (книги) приводится название, фамилии авторов, год публикации, название журнала и издательства, аннотация и ссылка на сайт издательства, по которой можно найти электронную версию статьи или книги. Кроме того, для каждой статьи эта база предлагает список статей сходной тематики или содержащие ссылку на рассматриваемую статью.

Pubmed позволяет осуществлять поиск по ключевым словам, имени и инициалам одного или нескольких авторов, году публикации, названию журнала, а также по комбинации этих характеристик.

Pubmed предоставляет пользователям и ряд дополнительных возможностей. Перейдя по ссылке My NCBI, можно создать свой аккаунт, в котором можно завести и редактировать свою коллекцию ссылок, а также сохранять поиск с возможностью получать на электронную почту обновление его результатов. С помощью Pubmed можно сохранять ссылки в формате, позволяющем импортировать их в программы управления библиографической информацией (например, Bibus, JabRef, CiteULike и др.).

Кроме того, имеется текстовое и анимированное руководство по пользованию базой.

Основным неудобством Pubmed является то, что, в базе представлены только англоязычные источники или те, которые имеют перевод названия и резюме на английский.

Http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

BLAST (Basic Local Alighnment Search Tool) − это еще одна поисковая система, предоставляемая сайтом национального центра биотехнологической информации NCBI. База содержит нуклеотидные последовательности 1400 прокариотических геномов и 225 геном эукариот. С помощью BLAST можно осуществлять поиск конкретной нуклеотидной последовательности во всех или в выбранных геномах, представленных в базе. В таком случае пользователь получает информацию о том, в геноме каких организмов встречается искомая или схожая с ней последовательность, на какой хромосоме, в каком гене или межгенном участке она находится и каковы ее координаты, а также степень соответствия искомой и найденной последовательности. Также BLAST позволяет искать белковые молекулы по последовательности аминокислот или нуклеотидов и нуклеотидные последовательности (гены) по аминокислотной последовательности.

Кроме поиска нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, BLAST предоставляет возможности для разработки ПЦР праймеров для определенной последовательности нуклеотидов; выравнивания 2х и более нуклеотидных последовательностей; поиска консервативных доменов в нуклеотидных последовательновтях и других операций.

Хотя для поиска последовательностей BLAST  является одной из самых удобных и популярных он-лайн баз, дальнейший анализ последовательностей лучше осуществлять в геномных браузерах, так как они представляют последовательности в более наглядном, удобном и информативном виде (например, трудно выделить экзоны или какие-нибудь регуляторные элементы в последовательности гена).

Http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery

Entrez cross-database search – объединяет в себе возможности сразу нескольких поисковых систем, в том числе и двух описанных выше. Используя ключевые слова (например, название гена, вид организма, функция или заболевание), можно соответствующие литературные источники, связанные с ключевыми словами нуклеотидные последовательности ДНК и РНК, аминокислотные последовательности и 3D-структуру белковых молекул, возможные вариации в соответствующих генах и много другой полезной информации. Из недостатков данной поисковой системы можно отметить то же, что и для BLAST  – некоторое неудобство работы с нуклеотидными последовательностями.

Http://www.mitomap.org/MITOMAP

Mitomap – специализированная база данных для работы с митохондриальным геномом человека. Позволяет просмотреть как весь митохондриальный геном целиком, так и любой его ген или некодирующий участок, аминокислотную последовательность того или иного белка, загрузить последовательность митохондриальной ДНК для работы в различных программах. Кроме того, с помощью Mitomap можно обнаружить описанные мутации различных типов и точки полиморфизма (и определить соответствующую им гаплогруппу) в любом участке митохондриального генома. Эта база является очень удобной в использовании и позволяет получить практически любую информацию, необходимую тем, кто работает с митохондриальной ДНК человека.