Обсуждение результатов

Итак, на основе анализа литературы, проведенных выравниваний и построенных филогенетических деревьев мы сделали вывод, что ядерные рецепторы имеют функциональное сходство в основном за счет области связывания с ДНК. Исходя из этого, мы заключили, что можно произвести анализ того, каков механизм связывания белка PPAR с циклопентаноновым простагландином за счет сравнения участков связывания с лигандом белков семейства ядерных рецепторов. Мы вычеркнули из последовательностей PPAR позиции, оказавшиеся консервативными в процессе выравнивания этих последовательностей с группами последовательностей рецепторов стероидных, тироидных гормонов, ретиноевой кислоты.

По получившимся «урезанным» последовательностям мы составили паттерны с целью идентифицировать функции того или иного участка. В результате мы получили список гомологичных белков, часть которых обладает способностью связываться с циклопентаноновыми простагландинами, часть рассматривается нами в качестве потенциальных белков-мишеней для них.

Список используемой литературы

1. Варфоломеев С.Д., Мевх А.Т. Простагландины – молекулярные биорегуляторы. – М.: Изд-во Моск. ун-та, 1985. – 308 с.

2. Gilroy, DW, et al (1999) Nature Med. 5, 698.

3. Forman B.M. et al (1995) Cell 83, 803

4. Kliewer S.A. et al (1995) Cell 83, 813.

5. Ricote, M. et al (1998) Nature 391, 79.

6. Jiang, C. et al (1998) Nature 391, 82.

7. Rossi, A. et al (2000) Nature 403, 103.

8. Negishi M and Katoh H. (2002) Prostaglandins & other Lipid Mediators 68-69, 611.

9.Ono K. et al (1987) Adv Prostaglandin Thromboxane Leukot Res. 17B, 976.

10. Oliva J.L. et al (2003) Proc Natl Acad Sci U S A 100, 4772.

11. Auwerx J. et al (1999) Cell 97, 161.

12. Straus D. and Glass C.K. (2001) Med. Res. Rev. 21, 185.

13. Hihi A.K. et al (2002) Cell. Mol. Life Sci. 59, 790.

14. Boitier E. et al (2003) Comparative Hepatology 2, 3.

Приложение 1.

Рецептор.

Рисунок 9. Взаимодействие лиганд- ядерный рецептор.

Источник: Nature 1988 Jan 7;331(6151):91-4 Identification of a new class of steroid hormone receptors. Giguere V, Yang N, Segui P, Evans RM.  Лиганды (на рисунке стероидные гормоны) проникают сквозь плазматическую мембрану и соединяются с ядерными рецепторами, которые стимулируют транскрипцию их генов-мишеней. Рецепторы к стероидным гормонам связываются с ДНК в качестве димеров.

Рецепторы - это специальные соединения на поверхности или внутри клеток органа-мишени, которые связывают гормон (в общем случае лиганд), доставляемый к его месту действия кровью, и, как следствие такого связывания, индуцируют реакции (или серию реакций), обеспечивающие конечный эффект гормона (лиганда).

Гормональные рецепторы являются крупномолекулярными белками, способными нековалентно связывать гормон, и делятся на две группы в зависимости от типа связываемого гормона.

Липофильные гормоны (стероиды, тироиды) легко проходят через клеточную мембрану и связываются с рецептором, локализованном либо в цитоплазме, либо в ядре клетки.

Гидрофильные гормоны, не способные проникать внутрь клетки, связываются с рецепторами на поверхности клетки, что обеспечивает запуск передачи сигнала внутри клетки.

Независимо от локализации, рецепторы имеют ряд общих характеристик.

1. Рецепторы имеют высокое сродство к соответствующему гормону, так что значительное связывание происходит при довольно низкой концентрации гормона, обычно наблюдаемой в циркуляции. Из-за прочного связывания, гормоны часто остаются связанными с рецепторами и таким образом удлиняют свое биологическое действие.

2. Рецепторы обнаруживают высокую степень структурной специфичности: рецептор для данного гормона будет связывать только этот гормон или близкородственное соединение. Обычно существует хорошая корреляция между сродством рецептора к гормональному аналогу и биологической активностью этого аналога.

3. Рецептор обнаруживает тканевую специфичность, и значительное содержание рецептора обнаруживается только в ткани-мишени этого гормона. Таким образом, тканевая и структурная специфичность рецепторов обеспечивает то, что гормон действует только в своей ткани-мишени.

4. Связывание гормона с рецептором вызывает соответствующий биологический ответ.

PPAR.

PPAR принадлежат суперсемейству стероидных/тироидных ядерных гормональных рецепторов. Они найдены во многих видах, включая Xenopus , мышь, крыса, человек. Имеется 3 изоформы (a, b/d, g) соответственно NR1C1, NR1C2 и NR1C3, согласно единой номенклатуры ядерных рецепторов, которые имеют типичный домен организации ядерных рецепторов [11]. N-концевой A/B домен содержит лиганд-независимую функцию трансактивации. В a и g изотипах активность этого домена может регулироваться фосфорилированием MAPK. C- конец – это DNA связывающий домен с типичным мотивом “two zinc-finger-like», как ранее было показано для стероидных рецепторов. E/F домен – связывает лиганд. Он содержит лиганд-зависимую функцию трансактивации, AF-2, и способен взаимодействовать с коактиваторами транскрипции, такими как SRC-1 и CBP, в лиганд-зависимой манере. PPAR  действуют как промотеры генов-мишеней как гетеродимеры с обязательным партнером RXR (NR2B), ядерном рецепторе для 9-cis ретиноидной кислоты.  Для сравнения изоформ смотри обзор [12, 14].